Akhir dari masa perdebatan teori abiogenesis dan biogenesis adalah setelah kemunculan Louis Pasteur (1822-1895), seorang ahli kimia yang sangat tertarik pada perubahan-perubahan kimiawi yang terjadi selama proses fermentasi anggur. Perhatiannya pada fermentasi inilah yang mendorongnya untuk ikut berdebat tentang generasi spontan. Secara teguh Pasteur menentang konsepsi generasi spontan dan ia menyadari bahwa kemajuan penelitian tentang fermentasi tidak akan berjalan lancar sebelum konsepsi tersebut bisa dipatahkan.
Salah seorang pendukung teori abiogenesis pada masa Pasteur yang terkenal penuh dedikasi adalah Felix Archimede Pouchet, seorang naturalis Perancis yang pada tahun 1859 menerbitkan laporan-laporan untuk membuktikan generasi spontan. Pada akhirnya Pasteur merancang percobaannya yang terkenal, yaitu percobaan dengan labu leher angsa yang kemudian mengakhiri perdebatan ini untuk selama-lamanya.
Pasteur melakukan percobaan dengan merancang alat berupa labu yang
dilengkapi dengan tabung panjang berbentuk leher angsa. Ia mempersiapkan larutan nutrisi berupa cairan kaldu kemudian memasukannya ke dalam labu, yang sebelumnya dipanaskan terlebih dahulu. Setelah itu dibiarkan beberapa lama dan udara tanpa perlakuaan apapun dan tanpa disaring dibiarkannya keluar masuk labu tersebut. Setelah diinkubasikan beberapa lama ternyata tak ditemukan kehidupan mikroorganisme dalam labu tersebut.
Alasannya bahwa partikel-partikel debu yang mengandung mikroorganisme tidak mencapai larutan nutrisi, mereka mengendap dalam bagian tabung leher angsa yang berbentuk hudup U dan aliran udara berkurang, sehingga partikel-partikel tadi tidak terbawa ke dalam labu. Apabila labu yang berisi nutrisi kemudian penyimpanannya diletakan secara miring, sehingga memungkinkan partikel debu memasuki labu lewat aliran udara, maka setelah beberapa lama disimpan ditemukan kehidupan mikroorganisme pada labu tersebut.
Hasil percobaan ini memberikan bukti kuat kepada para ahli akan ketidakbenaran teori abiogenesis dan selanjutnya para ahli pada masa itu menerima teori baru mengenai asal mula kehidupan dengan yaitu teori biogenesis, yang berarti kehidupan berasal dari kehidupan sebelumnya. Pasteur juga menghasilkan karya-karya di bidang mikrobiologi yang sangat terkenal, diantaranya tentang fermentasi dan mikroorganisme penyebab penyakit dan muncullah teori nutfah fermentasi dan teori nutfah penyakit.